Początkowo Muzeum mieściło się w dwóch, a później czterech pomieszczeniach kamienicy przy ul. Sienkiewicza 10. W roku 1972 przeniosło się do przedwojennej willi przy ul. Sobieskiego 239, a na początku lat osiemdziesiątych pozyskało i całkowicie odrestaurowało pochodzący z początku wieku budynek magazynowy na ulicy Wałowej 14a. Obecnie mieszczą się tam pracownie i magazyny działu druków zwartych i prasy XIX i XX w.

Już przy powoływaniu do życia Muzeum ówczesna Powiatowa Rada Narodowa zaznaczyła, że docelowo instytucja ta winna mieścić się w tzw. Pałacu Przebendowskich w Wejherowie, byłej siedzibie dziewiętnastowiecznych następców założyciela i właściciela miasta, Jakuba Wejhera-Keysserlingków. Nie było to jednak proste do zrealizowania, bowiem mieściło się tutaj przedszkole z "internatem" dla dzieci niesłyszących z calej Polski. Z drugiej strony wymienione budynki Muzeum okazały się niewystarczające - nie pozwalały nie tylko na odpowiednie przechowywanie wzrastającej liczby zbiorów, ale również - co szczególnie mocno odczuwali korzystający - na przygotowanie jakiejkolwiek stałej wystawy. By zaradzić tej sytuacji, w latach siedemdziesiątych wśród wielu planów pojawiła się także propozycja, by przenieść Muzeum do wejherowskiego ratusza, a dla władz miejskich wybudować nową siedzibę. Zamiar ten jednak nie wyszedł poza sferę planów.

Pomoc przyszła z zupełnie niespodziewanej strony. Wśród inwestycji towarzyszących budowie elektrowni atomowej w Żarnowcu znalazło się też wybudowanie od podstaw nowego ośrodka dla niesłyszących, do którego miało się również przenieść przedszkole z pałacu. Do osób bardzo zaangażowanych w zabezpieczeniu środków niezbędnych do dokończenia tego przedsięwzięcia po likwidacji elektrowni należał m.in. jeden z jej dyrektorów, dr Henryk Torbicki. Fakt ten przyczynił się bardzo do zintensyfikowania trwających od trzydziestu lat starań o przekazanie tego obiektu na rzecz wejherowskiego Muzeum. Wśród osób popierających tę inicjatywę znaleźli się między innymi ówczesny wicewojewoda gdański prof. Józef Borzyszkowski, prezydent miasta Wejherowa Jerzy Budnik i kurator oświaty w Gdańsku Danuta Kledzik. Dzięki ich wsparciu na początku października 1993 r. zawarto porozumienie, na którego podstawie najpierw formalnie, a od 1995 r. także faktycznie wejherowski pałac, jeden z najatrakcyjniejszych zabytków regionu, stal się siedzibą wejherowskiego Muzeum.

Nie można było jednak od razu w pełni rozwinąć w nim dzialalności muzealnej. Obiekt wymagał ogromnych nakładów finansowych na generalny remont i adaptację. Tych natomiast samo Muzeum, jak i ówczesny organ założycielski, Wojewoda Gdański, nie posiadali w nadmiarze. Starczyło ich tylko na wykonanie przez firmę projektową A. Macura pełnego projektu architektonicznego i technicznego przedsięwzięcia. Dalsze środki udało się pozyskać z innych źródeł, szczególnie fundacji. Najpierw wsparcia udzielił Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska, Ministerstwo Kultury i Sztuki, miasto Wejherowo oraz, w mniejszym stopniu, inne kaszubskie samorządy. Dzięki temu udało się w pierwszym etapie umożliwić normalne przebywanie w obiekcie i powstrzymać jego dalszą degradację, wymieniono bowiem przeciekające pokrycie dachowe oraz zmieniono system grzewczy.

Przełomową datą w prowadzonym remoncie był rok 1999. Wtedy zakończono całkowicie remont i adaptację poddasza. Wykonano to głównie ze środków trzech fundacji: Fundacji Na Rzecz Nauki Polskiej, Fundacji Hermanna-Nicrmanna z Dusseldorfu i Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej. Umożliwiło to na początku roku następnego sukcesywne zagospodarowanie nowych pomieszczeń: magazynów i pracowni działów rękopisów i starodruków oraz działu sztuki, czytelni, znalazł się też tutaj pion administracyjny Muzeum i pokoje gościnne.

W latach 2000-2004 zostały już wymienione wszystkie okna, wykonana elewacja i w wiekszości odrestaurowane piętro (tu: pracownie i administracja muzeum) oraz parter, gdzie znajdują się wystawy stałe i czasowe. Należy podkreslić, iż stałego wsparcia finansowego udziela muzeum powiat i miasto Wejherowo.